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ＢｉｏＩＮＴＥＧＲＡ

BioINTEGRAは、『統合』と『カスタマイズ』をコンセプトにした製品です。
パッケージ化されたオプション機能とカスタマイズサービスを組み合わせて、研究や業務に応じたツールやデータベースを “Webインターフェース”で統合することができますので、変化しつづけるニーズにも対応可能な共同利用システムとして最適なソリューションです。

特長（Features）

ご使用の規模に応じた優れたスケーラビリティ

BioINTEGRAは、高価な計算機を必ずしも必要とはしません。数人規模でご使用になるラボレベルの研究システムの場合、１台のPCサーバで稼動させることも可能です。そのため、安価にご導入いただけます。また大規模なクラスタシステムにインストールすることにより、ユーザ数百人を超えるセンターシステムを構築することもできます。

独自DBMSを採用した低価格設計

高度なインデックス作成機能をもち、配列データベースを構築するのに適した独自データベースシステムである"SeqDB"を内部に採用することにより、高速な検索と安価な価格設定を同時に実現しました。

様々な計算機リソースを共有

ユーザごとにアカウントとプロパティ（メールアドレスなど）を設定し、計算機リソース（CPU、メモリ、HDD）を共有することができます。

Webブラウザからのツール実行とパイプライン処理

Webブラウザからインタラクティブに操作できる“同期実行”のほかに、バッチ処理のような“非同期実行”をサポートしています。（ジョブの実行状況はイベントごとにメールでお知らせします）

代表的なバイオインフォマティクスツールをプリインストール

BLAST、ClustalW、HMMERをプリインストールしています。さらに、Dr.Mirrorと接続することで、解析に必要な公共データベースの更新～フォーマットまでを自動的に行うことができますので、最新の検索環境を維持することができます。

インデックスで補間して、キーワードで絞りこみ

“キーワードのフルスペルが思い出せない” そんなときには、インデックス機能がとても便利です。検索フィールド（OrganismやDefinition）ごとに、キーワードを補間することができます。キーワード検索の結果を検索フィールドで絞り込みたい場合に大変便利です。

検索フィールド	インデックス検索	キーワード検索
Accession/ID
Definition
Author
Gene Name
Organism
Keyword

複数のツールを続けて実行できる“パイプライン処理”を実現

すべてのツールはWebブラウザで操作性の統一を図っています。さらに、BLASTの実行結果をClastalWの入力とするように、ある解析ツールの結果を次の解析ツールの入力として“パイプライン的に” 実行することが出来ますので、わずらわしいフォーマット変換やカット＆ペーストは不要です。

オリジナルのBLASTデータベースを簡単作成

キーワード検索の結果やBLAST検索の結果など、解析の結果得られた配列をフォーマットしてオリジナルのBLASTデータベースを作成する”カスタムDB作成機能”により、お客様の研究ニーズに合った独自BLASTデータベースを簡単に作成することができます。

リモートメンテナンスによるTOC削減

SSH＋ダイアルアップやVPNなどのセキュアな接続形態を構築して弊社からリモートで障害監視を行うことが可能です。

機能説明（Tech. Spec）

ユーザ管理

	管理者権限でのみ、ユーザ追加／変更／削除することができます。また、ユーザのアクセス状況をモニタリングできます。
	ユーザ名およびパスワードで認証を行います。
	プロジェクト形式での研究に対応するために、複数ユーザが結果を共有できる “ユーザグループ”を設定することができます。

ジョブ管理

	解析ツールは“ジョブ”とよばれる実行形式で処理されます。
	投入されたジョブはユーザ（またはユーザグループ）ごとに管理され、計算ノード上で実行されますので、実行中を示すWeb画面を閉じても影響ありません。
	ジョブの実行終了をメールで通知することができます。

キーワード検索

	GenBank（ASN.1）形式とUniProt形式をサポートしています。
	あいまい検索を含んだインデックス検索が可能です。
	AND、OR、NOT を組み合わせた論理式による検索が可能です。

解析ツール実行

	ベースパッケージとして、BLAST、HMMER、ClustalWをインストールしています。（その他のツールやデータベースについては【オプションおよびカスタマイズ】を参照ください）
	解析ツールによる実行結果（ジョブ実行結果）を複数組み合わせて、他の解析ツールの入力データにすることが可能です（エントリごとのAND/OR/NOTの論理演算）。

オプションおよびカスタマイズ (Option & Customize)

こちらのシートをご参照下さい。

推奨環境（Sys. Req.）

OS	RedHat Linux(IA-32)
CPU	PentiumIII以上を推奨
メモリ	512MB以上を推奨
HDD	32GB以上（OS＋本S/Wのみ、データベース含まず）を推奨
DB	PostrgeSQL、SeqDB（当社独自DBMS）
ミドルウェア	LSF
Webブラウザ	Netscape 6以上、Internet Explorer 5.5以上、Firefox 1.01以上

その他のOS,ブラウザに関してはお問い合わせください。