MoleShaker

MoleShakerは膨大な化合物データを、物性値（”Rule of 5”など）や構造情報（SMARTS）を元にスクリーニング／クラスタリングするシステムです。

BioINTEGRAのフレームワーク上で開発されました。

特長（Features）

“Rule of 5”などの物性値を計算し、設定された閾値で化合物をスクリーニングします。

BioINTEGRAのフレームワーク上で開発されました。

fingerprintを元にタニモト係数を計算し、設定されたクラスタ数で化合物をクラスタリングするとともに、系統樹表示を見ながら、クラスタリングレベルを自由に調整することができます。

Daylight TKおよびBCI Clustering Toolを使用しています。

各クラスタのセントロイド（中心的な化合物）を選択することで、構造式とともにメンバ一覧を表示します。

Daylight CGIを使用しています。

	以下の物性値を計算します。分子量、チャージ、回転ボンド数、H-bond donor数、H-bond Acceptor数、ClopP値、CMR値、TPSA値
	物性値ごとに、MIN-MAXのスクリーニング範囲を設定できます。
	物性値ごとのヒストグラムを表示することができます。

	fingerprintをもとに、タニモト係数を計算します。
	計算されたタニモト係数をもとに、Ward’s法やK-Means法でクラスタリングします。
	全クラスタのセントロイドと、クラスタごとのメンバを一覧表示できます。

	化合物データ（mol形式）の読み込み～クラスタリングまでのすべての操作はWebブラウザ経由で行います。
	クラスタリングのように非常に時間がかかる計算は、バッチ処理で実行します。（結果は、実行ユーザへメールで通知されます）

mol形式で記述されたファイルであればＯＫです。

OS	RedHat Linux(IA-32)
CPU	Intel Xeon 2.4GHz Dual 以上を推奨
メモリ	1GB以上を推奨
HDD	60GB以上（OS＋本S/W＋各種解析ツール）を推奨
DB	PostrgeSQL
Webブラウザ	Netscape 6以上、Internet Explorer 5.5以上

その他のOS,ブラウザに関してはお問い合わせください。